Free the Mind

Archive for the ‘genomsekvensering’ tag

Om den tysta revolutionen

without comments

För några veckor sedan skrev Henrik Brändén om att det är dags att skydda vår gen-integritet, eftersom tekniken bakom genomsekvensering utvecklas i en sådan rasande takt. Det första mänskliga genomet tog cirka tio år att sekvensera och kostade drygt fyra miljader kronor. Idag sekvenserar man ett mänskligt genom på cirka en vecka till ett pris av cirka 10,000 dollar (senast jag kollade men det faller snabbt). Om kanske två år kommer nästan vem som helst att kunna sekvensera sitt genom. Och det är väl inte helt otänkbart att det i en inte allt för avlägsen framtiden kommer bli lika lätt att sekvensera ett genom som det är att ta en bild med mobilkameran. Ungefär så snabb är denna utveckling och det har en fundamental betydelse för människor och mänskligheten. Dess konsekvenser påverkar oss redan idag. Men det är inte många som känner till denna revolution. Piratpartiet har mycket att vinna på att ha denna fråga i sitt sakpolitiska program, även om jag inte är helt överens med Henrik i de förslag han har skrivit.

Det är en svår fråga. Det här är inte vilken  information som helst. Det är exakt information på individ nivå om vilka vi är och hur vi är byggda. Det blir inte så mycket mer intimt än så, men samtidigt så är det just information. Information som kommer vara relativt lätt att få tag på, både av den som informationen “tillhör” men även andra kan relativt enkelt få tag i informationen, utan att göra intrång i högsäkerhetsdatabasystem. Det räcker med lite hårstrån, hudceller på kläder, blodceller osv. Vi lämnar denna information överallt, helatiden. Med andra ord har vi en situation där den kanske allra intimaste informationen om oss också är den enklaste för nästan vem som helst att få tag på. Det är redan svårt att lagstifta om förbud av informationsspridning och begränsningar. I detta fall kommer det kanske vara omöjligt. Ett teckan på det är att det redan har initierats projekt som ska uppmana människor som sekvenserar sina genom att lämna in dem till öppna databaser där vem som helst som är nyfiken på informationen har tillgång till det. Hur lagstiftar man mot sånt? Bör man överhuvudtaget göra det? De har tyvärr inte någon webbsida än så jag kan inte länka.

I vilket fall som helst så lades denna TedTalk-video ut förra vecka och sammanfattar denna tysta revolution vad gäller teknik, dess snabba utveckling, dess möjligheter och en del av de etiska frågorna. Klart värt att lägga ner elva minuter på att lära sig lite mer om en revolution som redan börjat förändra våra liv fundamentalt.

Written by floodis

September 21st, 2011 at 12:48 am

Ion torrent-sekvensering – Snart i varje hem?

with one comment

I början av 90-talet började man arbetet med att kartlägga hela det mänskliga genomet. Man beräknade att arbetet skulle kosta tre miljarder dollar och ta 15 år. Det tog 13 år (1990-2003). Jag vet inte hur stor kostnaderna blev till slut men gissar att det hamnade runt omkring det beräknade (uppdatering 10 aug: Snubblade över siffran: 2,7 miljader dollar). Hela historien är värd att återberätta och jag kommer nog göra det någon dag.

Idag kan man sekvensera ett helt mänskligt genom på ungefär en vecka till en kostnad av 10,000 dollar. Men priset faller snabbt och tekniken utvecklas ännu snabbare. En av dessa tekniker som banar vägen för billig och snabb sekvensering av hela genom är Ion torrent-tekniken. Nyligen presenterade företaget med samma namn sekvenseringsmaskinen Personal Genome Machine (PGM) som är den första sekvenseringsmaskinen med potential att köpas och användas av hemmafixande biologer (så kallade DIY-biologer (Do It Yourself)). Fördelarna med maskinen är att den är liten, kompakt och snabb. Nackdelarna är att den kostar närmare 50,000 dollar och har en liten kapacitet jämfört med övriga andra generationers sekvenserare (den duger inte för att sekvensera ett mänskligt genom). Men i och med att Moores lag även gäller inom sekvensering så är det en tidsfråga innan dessa maskiner börjar hamna hos DIY-biologer. Två till fyra år skulle jag gissa om utvecklingstakten håller i sig.


Ion torrent personal genome machine

Written by floodis

January 23rd, 2011 at 12:27 am